Małopolscy przedsiębiorcy w zakresie dotacji na rozwój działalności współpracują z Małopolskim Centrum Przedsiębiorczości, będącym instytucją pośredniczącą II stopnia w zarządzaniu II Osią priorytetową Małopolskiego Regionalnego Programu Operacyjnego na lata 2007 – 2013.
Procedura pozyskania dofinansowania to jedna kwestia, kolejną jest natomiast realizacja inwestycji oraz jej odpowiednie rozliczenie. Ostatecznie bowiem dotacja udzielana jest na zasadzie refundacji. Oznacza to, że Beneficjent własnym nakładem środków finansowych realizuje operacje, a dopiero po przedstawieniu stosownej dokumentacji w ramach wniosku o płatność, otrzymuje przyznany wcześniej zwrot.
Procedura na tym etapie obejmuje wniosek o płatność pośrednią i końcową, niekiedy przedsiębiorcy wnioskują także o płatność zaliczkową, jednakże praktyka pokazuje, że takich jest niewielu, gdyż Instytucja wymaga dodatkowego zabezpieczenia, co często jest zbyt problematyczne. Płatność pośrednia to taka, która nie rozlicza jeszcze całej inwestycji, na realizację której została podpisana umowa o dofinansowanie – a jedynie jej część, dany etap. Najczęściej mowa jest tu o inwestycjach infrastrukturalnych, kiedy to Firma w pierwszej kolejności realizuje remont bądź budowę budynku, rozlicza ją w celu pozyskania refundacji części poniesionych nakładów, po to by w dalszej kolejności zrealizować drugi etap np. zakup parku maszynowego. Forma ta, pozwala często zachować Przedsiębiorcy płynność finansową przy realizacji dużej inwestycji. Kolejny etap to złożenie wniosku o płatność końcową – rozliczającą całą inwestycję. Należy go złożyć do 25 dni od momentu rzeczywistego zakończenia realizacji inwestycji, czyli zrealizowania ostatniej płatności w ramach podpisanej umowy o dofinansowanie. Firmy często traktują wniosek o płatność końcową jako pierwszy i ostatni, gdyż nie zawsze czasowo by im się to kalkulowało. Dotyczy to sytuacji, w której Przedsiębiorca realizuje inwestycję w jednym etapie.
Wniosek o każdą płatność wymaga odpowiedniego wypełnienia oraz dołączenia kopii dokumentów księgowych: faktur, umów kupna-sprzedaży, potwierdzeń zapłaty (wyciągi z rachunku bankowego, dowody wpłaty), dokumentów przyjęcia środka trwałego – OT, ewidencji środków trwałych, protokołów odbioru itp. Wszystkie te dokumenty muszą być ze sobą spójne, ale także muszą bezpośrednio odpowiadać na zaakceptowany wniosek o dofinansowanie, na który została podpisana umowa. Konieczne jest ich potwierdzenie za zgodność z oryginałem oraz opisanie zgodnie z faktem dofinansowania ze środków Europejskiego Funduszu Rozwoju Regionalnego.
Instytucja weryfikuje wniosek niekiedy, wymagając dodatkowych wyjaśnień bądź poprawek, a następnie opiniuje go. Jeżeli wniosek otrzymuje pozytywną opinię, sprawę przejmuje Zespół monitoringu i kontroli MCP. Pracownicy instytucji osobiście w miejscu realizacji inwestycji sprawdzą czy wszystkie dokumenty mają swoje oryginały oraz czy zadeklarowane wskaźniki mają odzwierciedlenie w rzeczywistości. Innymi słowy czy Beneficjent nie próbuje oszukać. Kwestia kontroli będzie przedmiotem odrębnego artykułu. Jeżeli wszystko przebiegło bez zarzutów Instytucja zleca wykonanie przelewu.