Kontrola z realizacji projektu to ostatni etap na drodze do otrzymania dofinansowania. Dokonywana jest przez Zespoły ds. monitoringu i kontroli Instytucji Pośredniczącej II stopnia, którą np. w Małopolsce jest Małopolskie Centrum Przedsiębiorczości. Pojawia się zawsze w momencie gdy dokonano już pozytywnej oceny wniosku o płatność, czyli wstępnego, formalnego i merytorycznego zaakceptowania go. Jest ona niezbędna do ostatecznej jego weryfikacji. Dopiero po wydaniu pozytywnej informacji pokontrolnej możliwa będzie wypłata dofinansowania.
Pracownicy Zespołu na przynajmniej tydzień przed planowaną kontrolą powiadamiają Beneficjenta o zamierzonym terminie kontroli i wzywają do przygotowania niezbędnych oryginałów dokumentów związanych z projektem. Są nimi m. in.:
– faktury -> opisane w prawidłowy i trwały sposób,
– protokoły odbioru, umowy z Wykonawcami, wyciągi bankowe, oświadczenia itp.
– dokumenty księgowe: ewidencja środków trwałych, księga przychodów i rozchodów, rejestr VAT, wydruki z kont (dla pełnej księgowości) – > sprawdzane będzie pochodzenie numeru ewidencyjnego na fakturze,